التنظيم برر دعوته لهدم تلك الرموز بأنها تدعو إلى الشرك بالله، من خلال توسل بعض الأشخاص للموتى عبر طقوس خاصة تقام حول تلك الرموز بهدف التقرب إلى لله، وهو الأمر الذي نفاه أحد علماء الدين من صوفية حضرموت، وقال إن هذه الرموز تحمل معاني تاريخية للمدينة، أكثر مما تحمله من معان دينية لأهل المدينة، والكثير من تلك المقابر مغلق منذ سنين ولم تقم حولها شعائر أو غيره مما يدعيها التنظيم.

ويحاول التنظيم كما قال محللون محليون اوردت اقوالهم صحيفة "الشرق الأوسط" اللندنية، ان يسير على خطى تنظيم داعش، كذلك «داعش ليبيا»، فما يقوم به التنظيم اليوم بمدينة المكلا أشبه بما قام به في مناطق الموصل وكركوك ونينوى وتلعفر العراقية، كذلك مدينة تدمر التاريخية بمحافظة حمص السورية، ومدينة الرقة السورية، وأيضا العاصمة الليبية طرابلس، وعدة مدن تاريخية أخرى سيطر عليها التنظيم، فقد هدم رموزها التاريخية والدينية كقبور الأنبياء، وأضرحة العلماء، ومساجد الشيعة، باستخدام عدة أساليب في الهدم كالمعاول والجرافات، واستخدم حتى أسلوب التفخيخ والتفجير.

وتعود الأهمية التاريخية والدينية لهذه الرموز بمدينة المكلا منذ القرن السادس الهجري، والذي بنيت فيه أشهر تلك القباب والأضرحة للشريف يعقوب بن يوسف العباسي، أحد علماء التصوف، والذي هاجر من بغداد، وتوفي ودفن بقرب من الساحل الجنوبي للمدينة، وأقيمت حوله أولى مقابر المسلمين في المدينة، والتي سميت باسمه (مقبرة يعقوب)، بالإضافة إلى أنه توجد بالمدينة مئات القباب والأضرحة، والتي تعود لمئات السنين، وتحمل مدلولا تاريخيا ودينيا لدى الكثير من أهل المدينة.

كذلك منع تنظيم قاعدة الجهاد بجزيرة العرب أهالي المدينة من إقامة عدة شعائر اعتادوا القيام بها في رمضان منذ مئات السنين، فقد منع التنظيم الجماعة الصوفية بالمدينة من إقامة (الحضرة) وهي مجلس ذكر جماعي يقوم به المسلمون المنتمون للطرق الصوفية السنية بشكل خاص، ويتلى خلالها القرآن الكريم، وتقرأ الأدعية، ويلقى الشعر، والإنشاد في مديح الرسول محمد، ويستخدم بعض الصوفية الدف خلال تلك الشعائر، وهو الأمر الذي يعارضه التنظيم بشكل خاص.